Continuando la historia finalizada en la serie de comics Halo: Uprising, Halo 3 se inicia con el Jefe Maestro cayendo a la atmósfera terrestre e impactando en una jungla africana, donde es recogido por el Inquisidor y el Sargento Johnson.
El Jefe Maestro y compañía se abren paso hacia una base del UNSC, donde Miranda Keyes y Lord Hood planean un ataque aéreo hacia las naves de Profeta de la Verdad, que se han estacionado sobre un misterioso artefacto Forerunner desenterrado de las arenas de las ruinas de la ciudad de Nueva Mombasa. La guerra termina el 3 de marzo de 2553.
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